目前, 矮马的来源存在以下三种观点, 一是矮马是由史前马进化中分离出的一支群体。5800 万年前, 始祖马只有猫那样大小; 进化到三趾马时, 体高已达到100~120cm ; 再从三趾马进化到单趾马时, 体高已经有130cm; 二是矮马来自三趾马的学说, 据考证, 三趾马曾广泛分布在**的黄河流域、长江流域。三趾马化石的出土地方, 许多又是今天**矮马分布区。这一重合使一部分学者认为矮马来自三趾马; 三是矮马与西南马共源说,持这种观点的学者通过两种马的体质和体尺结构的对比, 认为矮马体尺的变化是普通马的“缩小”, 即自然选择、遗传漂变、逐代积累, 近交繁殖, 形成的遗传分化使矮马在西南马中有了显现的可能。再者, 体高作为一个连续的数量性状, 必然呈现正态分布, 使人为制定的106cm 体高标准已触及到西南马下限那些低矮的马。血液蛋白分析也表明两者的遗传距离较近[4]。
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