什么是genbank,它的主要用途是什么?

～Camille～ 2024-11-16 08:50:32

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genbank序列数据库genbank是美国国立卫生研究院(nih)维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个纪录代表了一个单独的、连续的、带有注释的dna或rn**段。目前genbank中所有的纪录均来自于最初作者向dna数据库的直接提交。蛋白质数据库：60年代初，dayhoff和他的同事们收集了所有当时已知的氨基酸序列，这就是《蛋白质序列与结构图册》。这一蛋白质数据库后来成为蛋白质信息资源pir。核苷酸数据库：1982年在欧洲分子生物学实验室(embl)诞生，随即就开始了一个数据库**的时代。后来nih搞了genbank。日本的dna数据库(ddbj)加入了数据收集的合作。国际dna序列数据库合作计划。规定了数据记录和更新的规则。国际核苷酸序列数据库合作成员genbank--ddbj--embl。genbank指的是ddbj/embl/genbank开发利用这些信息的工具（如ncbi的信息检索系统 entrez ）编码序列(cds)：大多数蛋白质序列都不是直接由实验确定的，而是通过dna序列得到的。这种方法需要进行大量的实验、计算以及相似性比对工作。他也赋予一个产物名称，或者功能说明(通过主观的对相似性比对的分析)。数据库的格式与内容：数据库被用来存放原始数据和一系列附加的信息。不同的检索工具和程序利用了这些信息中的不同部分。fasta 格式：广泛应用于许多分子生物学软件包之中。作为最简单的情况，大于号(>)表示一个新文件的开始。通常60个字符一行。>gb|af150991|af150991 trichoplusia ni single capsid nuclear polyhedros** virus.ensures greater occlusion body stabilityproduct--p10 / p10 proteinaatcgtttaacatatcgcgatctacctagaaatattgccatttttcacaataaaaaagagagaaagccatctctttggtggaaggcgaatacgaaatacacagatttagattggacggctccgttgattgtccctcaataaaattacatataataagtataaatccatttatcgtataaatattaaaaaaaattaaaacatg>gb|af275264|af275264 helicoverpa zea nuclear polyhedros** virus.complementproduct--e66-like protein (partial dna sequence)ctaatgtacgtatggaatgctggcaactatcaacgtctcagcaaaaatctcgaacccagtgtgatcaactactacggcgatgttaaaccttggcaaatcgtggacgataataaaatattgtacatggatctgttcatttggaagtattttagaatgctaatggaaagagacatgaaataagtattatacgcgaatacattatg>gb|af275264|af275264 helicoverpa zea nuclear polyhedros** virus.complementproduct--p13tggatcttttcgttcgaaacgagccgtaatattttgctaataattaattcatgccacacccaaattatattatatgagataacattgtaacttcatgacatcatttgtttgaaaaggtccgggcaacatttgataaattacaaaaaagtgcgggcaaagtttgattggtattcgcgtacaattgttaaggagatatcggaatg>gb|af275264|af275264 helicoverpa zea nuclear polyhedros** virus.product--orf50-like proteinattaaaaatatgatgcaataaaaaaaatgatgtcatctagttgacgttgctttggcgcaaattattttggtaattttccatgcatatttcgttatgatatcatcgttatatacgtgattgtctaaaatcgatctttgcggacaattttatatcaaaatgccggcaaatatcgattaactgaataagcaagcgtaccatcatgasn.1genbank flatfile:头部：始于locus行---locus名称，序列长度，生物分子的类型(ss或ds dna,rna,trna,rrna, mrna)，genbank分类码，数据公开日期definition行---总结纪录的生物意义。检索号---是从数据库中检索一个记录的主要关键词。格式：1+5或2+6。所有的genbank记录都只有一个单独的accession行。nid---行表示核苷酸序列的gi号码(gen** identifier)。一个gi号码对应于一个核苷酸序列。当序列改变时，gi号也改变，但检索号不变。keywords---sourcs---organ**m---reference---authors---title---journal--- 20210311

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