摘月亮的小仙女
2024-11-17 03:32:57
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§8.利用matlab和spss软件实现聚类分析 1. 用matlab编程实现 运用matlab中的一些基本矩阵计算方法,通过自己编程实现聚类算法,在此只讨论根据最短距离规则聚类的方法。 调用函数: min1.m——求矩阵最小值,返回最小值所在行和列以及值的大小 min2.m——比较两数大小,返回较小值 std1.m——用极差标准化法标准化矩阵 ds1.m——用绝对值距离法求距离矩阵 cluster.m——应用最短距离聚类法进行聚类分析 print1.m——调用各子函数,显示聚类结果 聚类分析算法 假设距离矩阵为vector, a阶,矩阵中最大值为max,令矩阵上三角元素等于max 聚类次数=a-1,以下步骤作a-1次循环: 求改变后矩阵的阶数,计作c 求矩阵最小值,返回最小值所在行e和列f以及值的大小g for l=1:c,为vector(c+1,l)赋值,产生新类 令第c+1列元素,第e行和第f行所有元素为,第e列和第f列所有元素为max 源程序如下: %std1.m,用极差标准化法标准化矩阵 function std=std1(vector) max=max(vector); %对列求最大值 min=min(vector); [a,b]=size(vector); %矩阵大小,a为行数,b为列数 for i=1:a for j=1:b std(i,j)= (vector(i,j)-min(j))/(max(j)-min(j)); end end %ds1.m,用绝对值法求距离 function d=ds1(vector); [a,b]=size(vector); d=zeros(a); for i=1:a for j=1:a for k=1:b d(i,j)=d(i,j)+abs(vector(i,k)-vector(j,k)); end end end fprintf('绝对值距离矩阵如下:\n'); d**p(d) %min1.m,求矩阵中最小值,并返回行列数及其值 function [v1,v2,v3]=min1(vector);%v1为行数,v2为列数,v3为其值 [v,v2]=min(min(vector')); [v,v1]=min(min(vector)); v3=min(min(vector)); %min2.m,比较两数大小,返回较小的值 function v1=min(v2,v3); if v2>v3 v1=v3; else v1=v2; end %cluster.m,最短距离聚类法 function result=cluster(vector); [a,b]=size(vector); max=max(max(vector)); for i=1:a for j=i:b vector(i,j)=max; end end; for k=1:(b-1) [c,d]=size(vector); fprintf('第%g次聚类:\n',k); [e,f,g]=min1(vector); fprintf('最小值=%g,将第%g区和第%g区并为一类,记作g%g\n\n',g,e,f,c+1); for l=1:c if l<=min2(e,f) vector(c+1,l)=min2(vector(e,l),vector(f,l)); else vector(c+1,l)=min2(vector(l,e),vector(l,f)); end end; vector(1:c+1,c+1)=max; vector(1:c+1,e)=max; vector(1:c+1,f)=max; vector(e,1:c+1)=max; vector(f,1:c+1)=max; end %print1,调用各子函数 function print=print1(filename,a,b); %a为地区个数,b为指标数 fid=fopen(filename,'r') vector=fscanf(fid,'%g',[a b]); fprintf('标准化结果如下:\n') v1=std1(vector) v2=ds1(v1); cluster(v2); %输出结果 print1('fname',9,7) 2.直接调用matlab函数实现 2.1调用函数 层次聚类法(hierarchical clustering)的计算步骤: ①计算n个样本两两间的距离{dij},记d ②构造n个类,每个类只包含一个样本; ③合并距离最近的两类为一新类; ④计算新类与当前各类的距离;若类的个数等于1,转到5);否则回3); ⑤画聚类图; ⑥决定类的个数和类; matlab软件对系统聚类法的实现(调用函数说明): cluster 从连接输出(linkage)中创建聚类 clusterdata 从数据集合(x)中创建聚类 dendrogram 画系统树状图 linkage 连接数据集中的目标为二元群的层次树 pd**t 计算数据集合中两两元素间的距离(向量) squareform 将距离的输出向量形式定格为矩阵形式 zscore 对数据矩阵 x 进行标准化处理 各种命令解释 ⑴ t = clusterdata(x, cutoff) 其中x为数据矩阵,cutoff是创建聚类的临界值。即表示欲分成几类。 以上语句等价与以下几句命令: y=pd**t(x,’euclid’) z=linkage(y,’single’) t=cluster(z,cutoff) 以上三组命令调用灵活,可以自由选择组合方法! ⑵ t = cluster(z, cutoff) 从逐级聚类树中构造聚类,其中z是由语句likage产生的(n-1)×3阶矩阵,cutoff是创建聚类的临界值。 ⑶ z = linkage(y) z = linkage(y, 'method') 创建逐级聚类树,其中y是由语句pd**t产生的n(n-1)/2 阶向量,’method’表示用何方法,默认值是欧氏距离(single)。有’complete’——最长距离法;‘**erage’——类平均距离;‘centroid’——重心法 ;‘ward‘——递增平方和等。 ⑷ y = pd**t(x) y = pd**t(x, 'metric') 计算数据集x中两两元素间的距离, ‘metric’表示使用特定的方法,有欧氏距离‘euclid’ 、标准欧氏距离‘seuclid’ 、马氏距离‘mahal’、明可夫斯基距离‘minkowski‘ 等。 ⑸ h = dendrogram(z) h = dendrogram(z, p) 由likage产生的数据矩阵z画聚类树状图。p是结点数,默认值是30。 2.2举例说明 设某地区有八个观测点的数据,样本距离矩阵如表1所示,根据最短距离法聚类分析。 %最短距离法系统聚类分析 x=[7.90 39.77 8.49 12.94 19.27 11.05 2.04 13.29; 7.68 50.37 11.35 13.3 19.25 14.59 2.75 14.87; 9.42 27.93 8.20 8.14 16.17 9.42 1.55 9.76; 9.16 27.98 9.01 9.32 15.99 9.10 1.82 11.35; 10.06 28.64 10.52 10.05 16.18 8.39 1.96 10.81]; bx=zscore(x); % 标准化数据矩阵 y=pd**t(x) % 用欧氏距离计算两两之间的距离 d=squareform(y) % 欧氏距离矩阵 z = linkage(y) % 最短距离法 t = cluster(z,3) 等价于 { t=clusterdata(x,3) } find(t==3) % 第3类集合中的元素 [h,t]=dendrogram(z) % 画聚类图 聚类谱系图如图1所示: 图1 聚类谱系图 3.用spss软件实现聚类分析 在spss软件中同样可以实现该算法, 例如:下表是1999年**省、自治区的城市规模结构特征的一些数据,可通过聚类分析将这些省、自治区进行分类,具体过程如下: 省、自治区 首位城市规模(万人) 城市首位度 四城市指数 基尼系数 城市规模中位值(万人) 京津冀 699.70 1.437 1 0.936 4 0.780 4 10.880 山西 179.46 1.898 2 1.000 6 0.587 0 11.780 ** 111.13 1.418 0 0.677 2 0.515 8 17.775 辽宁 389.60 1.918 2 0.854 1 0.576 2 26.320 吉林 211.34 1.788 0 1.079 8 0.456 9 19.705 黑龙江 259.00 2.305 9 0.341 7 0.507 6 23.480 苏沪 923.19 3.735 0 2.057 2 0.620 8 22.160 浙江 139.29 1.871 2 0.885 8 0.453 6 12.670 安徽 102.78 1.233 3 0.532 6 0.379 8 27.375 福建 108.50 1.729 1 0.932 5 0.468 7 11.120 江西 129.20 3.245 4 1.193 5 0.451 9 17.080 山东 173.35 1.001 8 0.429 6 0.450 3 21.215 河南 151.54 1.492 7 0.677 5 0.473 8 13.940 湖北 434.46 7.132 8 2.441 3 0.528 2 19.190 湖南 139.29 2.350 1 0.836 0 0.489 0 14.250 广东 336.54 3.540 7 1.386 3 0.402 0 22.195 广西 96.12 1.228 8 0.638 2 0.500 0 14.340 海南 45.43 2.191 5 0.864 8 0.413 6 8.730 川渝 365.01 1.680 1 1.148 6 0.572 0 18.615 云南 146.00 6.633 3 2.378 5 0.535 9 12.250 贵州 136.22 2.827 9 1.291 8 0.598 4 10.470 ** 11.79 4.151 4 1.179 8 0.611 8 7.315 陕西 244.04 5.119 4 1.968 2 0.628 7 17.800 甘肃 145.49 4.751 5 1.936 6 0.580 6 11.650 青海 61.36 8.269 5 0.859 8 0.809 8 7.420 宁夏 47.60 1.507 8 0.958 7 0.484 3 9.730 ** 128.67 3.853 5 1.621 6 0.490 1 14.470 (1)打开数据文件,在spss中可以打开多种类型的文件,如*.xls、*.dbf、*.txt、*.s**等, file→open→data; (2)进行聚类分析:analyze→classify→hierarchical cluster(此例子中用层次聚类法); 进入如下对话框,设置聚类变量,以及采用的聚类方法,是否显示聚类谱系图等(因为采用不同的聚类方法,分类结果不同)。 设置完成后,即可得到聚类结果,此例子中采用欧式距离计算样本之间各变量的距离,组平均法聚类,得到聚类谱系图, 20210311